layout.html파일수정
    <!-- 로고이미지 -->
    <div id="logo">
    <!--@if(!$layout_info->logo_image)-->
    <a href="/{$layout_info->index_url}" class="text">{$layout_info->logo_text}</a><!--@else--><a href="/{$layout_info->index_url}"><img src="/{$layout_info->logo_image}" alt="Logo" class="iePngFix" /></a><!--@end-->
 <!--@if(!$layout_info->logo_flash)--><!--@else-->
 <li class="flash"><script type="text/javascript">displayMultimedia("{$layout_info->logo_flash}", "200","50",false);</script></li>
    <!--@end-->
    </div>

info.xml에 추가

        <var name="logo_text" type="text">
            <title xml:lang="ko">1-2. 로고문구</title>
            <description xml:lang="ko">레이아웃의 상단에 표시될 로고문구를 입력하세요.(이미지나 문구중 하나 선택)</description>
        </var>
        <var name="logo_flash" type="text">
            <title xml:lang="ko">1-3. 로고플래시</title>
            <description xml:lang="ko">레이아웃의 상단에 표시될 로고플래시의 경로를 적어주세요.</description>
        </var>

common.css에 추가

#logo img { position:absolute; top:60px; left:20px; z-index:1; }
#logo .flash { position:absolute; top:50px; left:30px; z-index:1;}

위와 같이 편집하시면 레이아웃설정에서 플래시파일을 지정할 수 있습니다.